生物制藥凈化車間高危作業區，如灌裝區、膠塞桶放置區、開口包裝容器與無菌制劑直接接觸區、無菌裝配或連接作業區等，應通過單向流動操作平臺（蓋板）保持該區域的環境狀態。單向流系統必須在其工作區域內均勻送風，風速為0.36-0.54m/s（導向值）。應該有數據證明單向流的狀態并加以驗證。在封閉的隔離操作器或手套箱中，可以使用較低的風速，這個級別稱為低速級別。
除上述方面外，清洗工程的節能還可以根據合適的清潔度等級、溫度、相對濕度等參數進行調整。對于一個安全衛生的車間，應從降低生物制藥潔凈車間的污染值入手。潔凈室空氣的主要污染源不是人，而是新型建筑裝飾材料、清潔劑、粘合劑、現代辦公用品等，因此，使用低污染值的綠色環保材料，可以降低制藥廠潔凈室的污染狀況，這也是降低新風負荷和能耗的好方法。
生物制藥潔凈車間的照明對潔凈工程的節能也有很大的影響。制藥廠潔凈室的照明應滿足工人的生理和心理要求。對于高照度作業點，可采用局部照明代替提高整個車間的低照度標準。同時，非生產用房的照明應低于生產用房，但不得低于100流明。
